Son estructuras finas de gran longitud que se encuentran en la superficie llibre de las celulas de los distintos tipos de células. Sun funcion principal es la de proporcionar movimiento a la cálula. En principio la función de ambos es la misma y de estructura similar.
Morfologicamente pueden establecerse diferencias: los cilios son más cortos que los flagelos, los cilios tienen menor diametro y longitud, los cilios son más numerosos.
Tanto cilios como flagelos se encuentran ampliamente distribuidos en el reino animal y en las algas. En los metazoos a parte de la función de movilidad celular, tienen función digestiva, excrección y respiración.
Si realizamos un corte longitudinal a un cilio veremos
El tallo es una fina proyección citoplasmática que procede de la superficie libre de la célula. La longitud es de 5 micras en el hombre y de 12 micras en el paramecio. En el caso de los flagelos el ancho o diametro es un poco mayor y la longitud es mucho mayor entre 55 y 3000 micras.
Los microtúbulos están formados por subunidades de una proteína llamada tubulina y a menudo son utilizados por la célula para mantener su forma, son también el mayor componente de cilias y flagelos.Los microfilamentos están formados por subunidades de la proteína actina. Tienen aproximadamente un tercio del diámetro del microtúbulo y, a menudo, son usados por la célula tanto para cambiar su estructura como para mantenerla.Existe un gran número de proteínas asociadas con el citoesqueleto que controlan su estructura tanto por medio de la orientación y direccionamiento de los grupos de filamentos como del movimiento de los mismos. Un grupo particularmente interesante de las proteínas asociadas al citoesqueleto son "motores" celulares, como la miosina (un "motor" que mueve filamentos de actina) y la kinesina (un "motor" de microtubulo). 
Los tres componentes del citoesqueleto están interconectados y forman un reticulado, que se extiende desde la superficie celular hasta el núcleo. Este sistema está construido sobre la base de un modelo arquitectónico común que se encuentra en una sorprendente variedad de sistemas naturales y se conoce como de integridad tensional ("tensegrity").
Con esta expresión se indica que el sistema se estabiliza mecánicamente a si mismo, en razón del modo en que las fuerzas de compresión y tensión se distribuyen y equilibran dentro de la estructura.Las estructuras que responden a este modelo de integridad tensional no alcanzan la estabilidad mecánica por la resistencia de los miembros individuales sino por la manera en que la estructura en su conjunto distribuye y equilibra las tensiones mecánicas. En estas estructuras la tensión se transmite sin solución de continuidad a través de todos los elementos estructurales.En otras palabras, un incremento de tensión en un elemento cualquiera de la estructura se hace sentir en todos los demás. Este aumento global de presión se equilibra por un aumento de la compresión de determinados elementos distribuidos por la estructura. Un ejemplo arquetípico de estas estructuras son las cúpulas geodésicas de Buckminster Fuller.Debe hacerse notar que las reglas universales que rigen en la construcción se aplica a la formación de estructuras orgánicas, desde moléculas hasta tejidos.
